Pia på 15 og Brian på 16 er næsten på forhånd dømt til at blive det, der kaldes sociale tabere - han på grund af sin omflakkende tilværelse, hun på grund af sit dårlige miljø. Ingen af dem har i deres barndom fundet den tryghed, de søger. Nu finder de hinanden, og i løbet af et par uger af september sker der ting, som kan blive afgørende for deres liv og fremtid.
Seksten dage i september stiller blandt andet det spørgsmål, om to unge mennesker med vanskelige betingelser kan blive stærke nok til at bryde den onde cirkel, hvis de lægger kræfterne sammen.